آیات مختلفی در قرآن به توصیف فضائل امیرالمؤمنین علی(ع) پرداخته است. مهمترین این آیات آیه ولایت؛ «إِنَّما وَلِیُّکُمُ اللهُ وَ رَسُولُهُ وَ الَّذینَ آمَنُوا الَّذینَ یُقیمُونَ الصَّلاةَ وَ یُؤْتُونَ الزَّکاةَ وَ هُمْ راکِعُونَ؛ سرپرست و ولىّ شما، تنها خداست و پیامبر او و کسانى ‌که ایمان آورده‌اند؛ همان‌ها که نماز را بر پا مى‌دارند، و در‌حال رکوع، زکات مى‌دهند.»(مائده55)؛

آیه اکمال دین؛ «الْیَوْمَ یَئِسَ الَّذینَ کَفَرُوا مِنْ دینِکُمْ فَلا تَخْشَوْهُمْ وَ اخْشَوْنِ الْیَوْمَ أَکْمَلْتُ لَکُمْ دینَکُمْ وَ أَتْمَمْتُ عَلَیْکُمْ نِعْمَتی وَ رَضیتُ لَکُمُ الْإِسْلامَ دیناً؛ امروز، دین شما را برایتان کامل‌کردم؛ و نعمت خود را بر شما تمام نمودم؛ و اسلام را به‌عنوان آیین [جاودان] شما پذیرفتم.»(مائده3)؛ آیه تبلیغ؛ «یا أَیُّهَا الرَّسُولُ بَلِّغْ ما أُنْزِلَ إِلَیْکَ مِنْ رَبِّکَ وَ إِنْ لَمْ تَفْعَلْ فَما بَلَّغْتَ رِسالَتَهُ وَ اللهُ یَعْصِمُکَ مِنَ النَّاسِ إِنَّ اللهَ لا یَهْدِی الْقَوْمَ الْکافِرینَ؛ اى پیامبر! آنچه از طرف پروردگارت برتو نازل‌ شده ‌است، به‌طور کامل [به مردم] ابلاغ‌ کن؛ و اگر چنین نکنى، رسالت او را انجام نداده‌اى. خداوند تو را از [خطرات احتمالى] مردم، حفظ مى‌کند؛ و خداوند، گروه کافران [لجوج] را هدایت نمى‌کند.»(مائده67)؛

آیه مباهله؛ « فَمَنْ حَاجَّکَ فیهِ مِنْ بَعْدِ ما جاءَکَ مِنَ الْعِلْمِ فَقُلْ تَعالَوْا نَدْعُ أَبْناءَنا وَأَبْناءَکُمْ وَ نِساءَنا وَ نِساءَکُمْ وَ أَنْفُسَنا وَ أَنْفُسَکُمْ ثُمَّ نَبْتَهِلْ فَنَجْعَلْ لَعْنَتَ اللهِ عَلَى الْکاذِبینَ؛ هرگاه بعد از علم و دانشى که به تو رسیده، [باز] کسانى درباره‌ی مسیح با تو به ستیز برخیزند، بگو: «بیایید ما فرزندان خود را دعوت کنیم، شما نیز فرزندان خود را؛ ما زنان خویش را دعوت نماییم، شما نیز زنان خود را؛ ما از نفوس خود [و کسى که همچون جان ماست] دعوت کنیم، شما نیز از نفوس خود؛ آنگاه مباهله [و نفرین] کنیم و لعنت خدا را بر دروغگویان قرار‌دهیم.»(آل‌عمران61)؛

آیه اطعام؛ «إِنَّما نُطْعِمُکُمْ لِوَجْهِ اللهِ لا نُریدُ مِنْکُمْ جَزاءً وَ لا شُکُوراً، إِنَّا نَخافُ مِنْ رَبِّنا یَوْماً عَبُوساً قَمْطَریراً؛ [و می‌گویند]: ما شما را به خاطر خدا اطعام می‌کنیم، و هیچ پاداش و سپاسی از شما نمی‌خواهیم، ما از پروردگارمان خائفیم در آن روزی که عبوس و سخت است.»(انسان9و10)

آیه نجوا؛ «أَ أَشْفَقْتُمْ أَنْ تُقَدِّمُوا بَیْنَ یَدَیْ نَجْواکُمْ صَدَقاتٍ فَإِذْ لَمْ تَفْعَلُوا وَ تابَ اللهُ عَلَیْکُمْ فَأَقیمُوا الصَّلاةَ وَ آتُوا الزَّکاةَ وَ أَطیعُوا اللهَ وَ رَسُولَهُ وَ اللهُ خَبیرٌ بِما تَعْمَلُونَ؛ آیا ترسیدید [فقیر شوید] که از دادن صدقات قبل از نجوا خوددارى کردید؟! اکنون که این کار را نکردید و خداوند توبه شما را پذیرفت، نماز را برپا دارید و زکات را ادا کنید و خداو پیامبرش را اطاعت نماییدو [بدانید] خداوند از آنچه انجام مى‌دهید آگاه است.»(مجادله13)؛

آیه علم الکتاب؛ «وَ یَقُولُ الَّذِینَ کَفَرُوا لَسْتَ مُرْسَلاً قُلْ کَفَى بِاللهِ شَهِیداً بَیْنِی وَ بَیْنَکُمْ وَ مَنْ عِنْدَهُ عِلْمُ الْکِتَابِ؛ آن‌ها که کافر شدند مى‌گویند: «تو پیامبر نیستى»! بگو: «کافى است که خداوند، و کسى‌ که علم کتاب [و آگاهى بر قرآن] نزد اوست، میان من و شما گواه باشند.»(رعد43)؛

آیه انفاق؛ «الَّذینَ یُنْفِقُونَ أَمْوالَهُمْ بِاللَّیْلِ وَ النَّهارِ سِرًّا وَ عَلانِیَةً فَلَهُمْ أَجْرُهُمْ عِنْدَ رَبِّهِمْ وَ لا خَوْفٌ عَلَیْهِمْ وَ لا هُمْ یَحْزَنُونَ؛ کسانى که اموال خود را، شب یا روز، پنهان یا آشکار، انفاق مى‌کنند، مزدشان نزد پروردگارشان [محفوظ] است؛ ‌نه ترسى بر آنهاست، و نه اندوهگین مى‌شوند.»(بقره274)؛

آیه شراء یا لیلة المبیت؛ «وَ مِنَ النَّاسِ مَنْ یَشْری نَفْسَهُ ابْتِغاءَ مَرْضاتِ اللهِ وَ أللهُ رَؤُفٌ بِالْعِبادِ؛ بعضى از مردم [با ایمان و فداکار، همچون على در «لیلهة ‌المبیت» به هنگام خفتن در جایگاه پیغمبر] جان خود را به‌خاطر خشنودى خدا مى‌فروشند؛ ‌و خداوند نسبت به همه‌ی بندگان مهربان است.»(بقره207)؛

آیه دابة الارض؛ «وَ إِذا وَقَعَ الْقَوْلُ عَلَیْهِمْ أَخْرَجْنا لَهُمْ دَابَّةً مِنَ الْأَرْضِ تُکَلِّمُهُمْ أَنَّ النّاسَ کانُوا بِآیاتِنا لایُوقِنُونَ وَ یَوْمَ نَحْشُرُ مِنْ کُلِّ أُمَّةٍ فَوْجاً مِمَّنْ یُکَذِّبُ بِآیاتِنا فَهُمْ یُوزَعُونَ؛ و هنگامى‌که فرمان عذاب آن‌ها فرا رسد [و در آستانه‌ی رستاخیز قرار گیرند]، جنبنده‌اى را از زمین براى آن‌ها خارج مى‌کنیم که با آنان سخن مى‌گوید که مردم به آیات ما ایمان نمى‌آوردند. [به خاطر آور] روزى را که ما از هر امّتى، گروهى را از کسانى ‌که آیات ما را تکذیب مى‌کردند محشور مى‌کنیم و آن‌ها را نگه ‌مى‌داریم تا به یکدیگر ملحق‌ شوند.»(نمل82و83)؛

آیه صادقین؛ «أَجَعَلْتُمْ سِقایَةَ الْحاجِّ وَ عِمارَةَ الْمَسْجِدِ الْحَرامِ کَمَنْ آمَنَ بِاللهِ وَ الْیَوْمِ الْآخِرِ وَ جاهَدَ فی سَبیلِ اللهِ ‌ لایَسْتَوُونَ عِنْدَ اللهِ وَ اللهُ‌ لا یَهْدِی الْقَوْمَ الظَّالِمینَ؛ آیا آب‌دادن به حاجیان، و آباد ساختن مسجد الحرام را، همانند [عمل] کسى قرار دادید که به خدا و روز بازپسین ایمان آورده، و در راه او جهاد کرده است؟! [این دو] نزد خدا یکسان نیستند و خداوند گروه ستمکاران را هدایت نمى‌کند.»(توبه۱۱۹)؛

آیه خیرالبریه؛ «إِنَّ الَّذینَ آمَنُوا وَ عَمِلُوا الصَّالِحاتِ أُولئِکَ هُمْ خَیْرُ الْبَرِیَّة؛ [امّا] کسانی که ایمان آوردند واعمال صالح انجام دادند، بهترین خلق [خدا] هستند.»(بینه7)

آیه صالح‌المؤمنین؛ «(تحریم4)؛ آیه وُدّ؛ « إِنَّ الَّذینَ آمَنُوا وَ عَمِلُوا الصَّالِحاتِ سَیَجْعَلُ لَهُمُ الرَّحْمنُ وُدًّا؛ به‌یقین کسانى که ایمان آورده و کارهاى شایسته انجام داده‌اند، به‌زودى خداوند رحمان محبّتى براى آنان [در دل‌ها] قرار مى‌دهد!»(مریم96)؛

آیه تطهیر؛ «وَ قَرْنَ فی بُیُوتِکُنَّ وَ لا تَبَرَّجْنَ تَبَرُّجَ الْجاهِلِیَّةِ الْأُولى وَ أَقِمْنَ الصَّلاةَ وَ آتینَ الزَّکاةَ وَ أَطِعْنَ اللهَ وَ رَسُولَهُ إِنَّما یُریدُ اللهُ لِیُذْهِبَ عَنْکُمُ الرِّجْسَ أَهْلَ الْبَیْتِ وَ یُطَهِّرَکُمْ تَطْهیراً؛ و در خانه‌هاى خود بمانید، و همچون دوران جاهلیّت نخستین [در میان مردم] ظاهر نشوید، و نماز را برپا دارید، و زکات را بپردازید، و خدا و پیامبرش را اطاعت کنید؛ خداوند فقط مى‌خواهد پلیدى [گناه] را از شما اهل بیت دور کند و کاملاً شما را پاک سازد.»(احزاب33)؛

آیه مودت؛ «ذلِکَ الَّذی یُبَشِّرُ اللهُ عِبادَهُ الَّذینَ آمَنُوا وَ عَمِلُوا الصَّالِحاتِ قُلْ لا أَسْئَلُکُمْ عَلَیْهِ أَجْراً إِلاَّ الْمَوَدَّةَ فِی الْقُرْبى وَ مَنْ یَقْتَرِفْ حَسَنَةً نَزِدْ لَهُ فیها حُسْناً إِنَّ اللهَ غَفُورٌ شَکُورٌ؛ این همان چیزى است که خداوند بندگانش را که ایمان آورده و کارهاى شایسته انجام داده‌اند به آن نوید مى‌دهد. بگو: «من هیچ‌گونه اجر و پاداشى از شما بر این دعوت درخواست نمى‌کنم جز دوست‌داشتن نزدیکانم (اهل بیتم) و هرکس کار نیکى انجام دهد، بر نیکى‌اش مى‌افزاییم؛ چرا که خداوند آمرزنده و قدردان است.»(شورا23)؛

آیه اهل‌الذکر؛ «وَما أَرْسَلْنا مِنْ قَبْلِکَ إِلاَّ رِجالاً نُوحی إِلَیْهِمْ فَسْئَلُوا أَهْلَ الذِّکْرِ إِنْ کُنْتُمْ لا تَعْلَمُونَ؛ و پیش از تو، جز مردانى که به آن‌ها وحى مى­کردیم، نفرستادیم. اگر نمی‌دانید، از آگاهان بپرسید.»(نحل43) و «وَما أَرْسَلْنا قَبْلَکَ إِلاَّ رِجالاً نُوحی إِلَیْهِمْ فَسْئَلُوا أَهْلَ الذِّکْرِ إِنْ کُنْتُمْ لا تَعْلَمُونَ؛ ما پیش از تو، جز مردانى که به آنان وحى مى‌کردیم، نفرستادیم [همه‌ انسان بودند] اگر نمى‌دانید، از آگاهان بپرسید.»(انبیاء7) و... هستند که به فضائل ایشان اشاره کرده است.

البته در هیچ آیه‌ای از قرآن نیست که در آن فضائل علی(ع) و اهل بیت(ع) به وضوح دیده نشود اما آیاتی هستند که مستقیما در مورد حضرت ابوتراب(ع) نازل شده است. در خصوص این آیات میان شیعیان و اهل سنت اتفاق نظر وجود دارد و هیچ‌کسی نیست که قدرت انکار آن را داشته باشد. در مورد آیه ولایت که خداوند می‌فرماید: «اِنّما وَلیُّکُمُ الله وَ رَسُولهُ وَالَّذِینَ آمَنُوا یُقِیمُونَ الصَّلوةَ وَ یُوءْتُونَ الزَّکاة وَ هُمْ راکِعُون؛ همانا ولی امر شما تنها خدا، رسول و آن مؤمنانی هستند که نماز به پا داشته و در حال رکوع زکات می‏دهند.» نیز اتفاق و اتحاد نظر وجود دارد و تمام اسناد و احوال موجود از صدر اسلام آن را در مورد علی(ع) دانسته‌اند. آنچه که درباره جانشینی امیرالمؤمنین(ع) مورد اختلاف است بحث دامنه معنایی برخی کلمات و عبارات است.

شیعیان معنای کلمه «ولی» را امام می‌دانند و دیگران آن را به معنای دوستی، نصرت و محبّت دانسته‌اند که بحث‌های بسیاری داشته و استدلا‌ل‌های بی‌شماری حول محورش انجام شده است. بحث پیروان علی(ع) آن است که باید در ترجمه و فهم هر آیه و کلمه از قرآن اتفاقات، مقدمات، حواشی، بیانات پیامبر(ص)، تاریخچه موضوع مورد بررسی قرار گیرد تا نتیجه درست حاصل شود. مثلا وقتی می‌بینیم پیامبر(ص) می‌فرمایند: «من کنت مولاه فهذا علی مولاه» باید آن را متصل به معانی و مفاهیم خاص قرآن بدانیم و در کنار دیگر آیات و شواهد قرار دهیم. سوای آنکه باید هدف دین و مقصود خلقت را هم ببینیم بنابراین با دقت در همه این احوالات می‌توانیم به نتیجه درست برسیم.

هدف از هبوط انسان رشد و تعالی بود. خداوند نیز افراد خاصی را که دارای مقام علمی و معنوی بودند به هدایت و سرپرستی انسان‌ها برگزید تا بتوانند انسان را متعالی کنند. خداوند در قرآن به توصیف مقامات علمی، اخلاقی و معنوی علی(ع) اشاره مستقیم دارد و پیامبر(ص) هم در این خصوص فرمایشات متعددی دارند منتها هنگامی که این مقام تبیین شد و در ذهن انسان‌ها قرار گرفت وقت اعلام ولایت است.

خداوند وقتی در آیه تبلیغ می‌فرماید: «اى پیامبر، آنچه را از جانب پروردگارت به تو نازل شده، ابلاغ کن و اگر نکنى رسالتش را به انجام نرسانده‌اى...» یعنی حسن ختام آن مقدمات این اعلام است. خداوند از انسان‌ها می‌خواهد که بهترین‌ها را انتخاب کنند و برای اینکه به اشتباه نیوفتند خودش بهترین‌ها را همراه با حصر«انّما» معرفی می‌کند و راه را برای انتخاب بندگانش هموار می‌کند. حصر در «انّما» یعنی فقط کسانی که من معرفی می‌کنم. وقتی هم که می‌فرماید: «المؤمنونَ وَالمُؤمِنات بَعْضُهُمْ اولیاءُ بَعْض؛ مردان و زنان مؤمن بعضی از آنها اولیاء بعض دیگرند.»(توبه71) دقیقا آن «بعض» را معرفی می‌کند. اینجا انتخاب با خود انسان‌هاست که برای بهترین عاقبت‌ها با بهترین‌ها در بهترین مسیر قدم بگذارند.